Funkci mozečku možná nejlépe pochopíme z toho, když si představíme, jak to vypadá, když mozeček nefunguje správně. Takovým případem je například alkoholové opojení. Alkohol jako látka toxická pro nervový systém způsobuje u člověka při občasném užívání jen dočasné poškození jeho správné funkce. Vliv alkoholu konkrétně na mozeček způsobuje nejprve poruchy koordinace a přesnosti provádění hlavně jemných pohybů. To se projevuje u člověka jako nejprve problém například při psaní, vyslovování slov, navlékání korálků, šití, dotknutí se prstem nosu a jiné na přesnost náročné úkoly. S vyšší koncentrací alkoholu v krvi již i poruchou pohybů hrubších- neschopnost stát rovně a rovně chodit.
Při poškození jiného druhu, například po cévní mozkové příhodě, může být vyjádřen i třes při snaze o jemný pohyb.
Jak je popsáno v části o Centrálním nervovém systému je mozkový kmen termínem označující struktury prodloužená mícha, most, střední mozek (někdy i některé části mezimozku-ty části, které mají vztah ke kmenovým funkcím).
Protože by bylo zbytečně obsáhlé zde psát o jednotlivých jádrech a drahách, které danými podčástmi kmene procházejí, a navíc velká část významných struktur se nachází v celém kmeni, tak se zmíníme obecně o hlavních funkcích kmene.
První nezbytnou věcí, kterou zde musíme zmínit je tzv. retikulární formace, která je doslova rozeseta po celém kmeni. Je tvořena velmi jemně rozptýlenými neurony, které místy tvoří drobná jádra. Její funkcí je aktivace a inhibice různých částí kmene a koncového mozku. Je například zodpovědná za bdění tím, že aktivuje koncový mozek. Dále se podílí na mnohých reflexech, o kterých se zmíníme níže. Rovněž je schopna do velké míry regulovat vnímání bolesti.
V kmeni jsou také rozeseta tzv. jádra hlavových nervů. Jsou to shluky neuronů odkud vycházejí nervová vlákna, z nichž se po výstupu z kmene stávají hlavové nervy. Tyto hlavové nervy vedou ke svalům, kůži a orgánům obličeje a inervují je. Hlavových nervů je 12, přičemž 10 z nich vychází právě z kmene. Jsou to nervy, které jsou zodpovědné za pohyby očí, vidění, zaostřování, zužování zorniček na světle a jejich rozšiřování ve tmě, slzení, chuť, cit z celého obličeje, pohyby mimickými a žvýkacími svaly, sluch, rovnováhu, slinění, polykání, regulaci srdeční frekvence, rychlost vyprazdňování žaludku, zvracení, pohyb rameny a jazykem.
Také se v horní části kmene nachází jádra zvaná substantia nigra (černá substance). Tato jádra jsou známa ale spíše pro souvislost s Parkinsonovou nemocí. Při ní dochází k vyčerpání neuronů vylučujících dopamin. To má poté vliv na okruhy tzv. basálních ganglií, do kterých jsou zapojena. To způsobí klidový třes, poruchy začátku pohybu a další příznaky této vážné nemoci.
Mezimozek je takřka celý schovaný koncovým mozkem, přesto ale obsahuje velmi důležitá centra. K těm patří například nejvyšší centrum regulace vegetativního systému hypotalamus. Dále hypofýza, jako centrum regulace mnohých žláz s vnitřní sekrecí. Thalamus jako hlavní komunikační most mezi všemožnými strukturami nervového systému a mozkovou kůrou. A mnohá další centra. Více informací naleznete v flash obrázku.